根据患者的感染度、免疫状态、营养状况、治疗是否及时等因素不同而异。日本血吸虫病可分为侵袭期、急性、慢性和晚期四期。当尾蚴侵入皮肤后，部分患者局部出现丘疹或荨麻疹，称尾蚴性皮炎。当雌虫开始大量产卵时，少数患者出现以发热为主的急性变态反应性症状，常在接触疫水后1～2月出现，除发热外，伴有腹痛、腹泻、肝脾肿大及嗜酸性粒细胞增多，粪便检查血吸虫卵或毛蚴孵化结果阳性，称急性血吸虫病。然后病情逐步转向慢性期，在流行区，90％的血吸虫病人为慢性血吸虫病，此时，多数患者无明显症状和不适，也可能不定期处于亚临床状态，表现腹泻、粪中带有粘液及脓血、肝脾肿大、贫血和消瘦等。一般在感染后5年左右，部分重感染患者开始发生晚期病变。根据主要临床表现，晚期血吸虫病可分为巨脾、腹水及侏儒三型。一个病人可兼有两种或两种以上表现。在临床上常见是以肝脾肿大、腹水、门脉高压，以及因侧支循环形成所致的食管下端及胃底静脉曲张为主的综合征。晚期病人可并发上消化道出血，肝性昏迷等严重症状而致死。儿童和青少年如感染严重，使垂体前叶功能减退，及其他因素可影响生长发育和生殖而致侏儒症。因肝纤维化病变在晚期常是不可逆的，并且对治疗反应甚差，从而导致临床上难治的晚期血吸虫病。
本病的潜伏期一般在1个月左右。按其病程和主要临床表现可分为侵袭期、急性期、慢性期和晚期四期。
（一）侵袭期
自尾蚴侵入体内至其成熟产卵的一段时期，平均1个月左右。症状主要由幼虫机械性损害及其代谢产物所引起。在接触疫水后数小时至2～3天内，尾蚴侵入处有皮炎出现，局部有红色小丘疹，奇痒，数日内即自行消退。当尾蚴行经肺部时，亦可造成局部小血管出血和炎症，患者可有咳嗽、胸痛、偶见痰中带血丝等。另外未抵达门脉的幼虫被杀死后成为异体蛋白，引起异体蛋白反应，而出现抵热、荨麻疹、嗜酸性粒细胞增多等表现。
（二）急性期
本期一般见于初次大量感染1个月以后，相当于虫体成熟并大量产卵时期。大量虫卵沉积于肠壁和肝脏；同时由于虫卵毒素和组织破坏时产生的代谢产物，引起机体的过敏与中毒反应。大多见于初次大量感染者，以夏秋季为多，起病较急，以发热等全身症状为主。
1．发热：为本期主要的症状，发热的高低，期限和热型视感染轻重而异。热型不规则，可呈间歇或弛张热，其次为不规则热。热度多在38-40℃，同时伴有畏寒和盗汗。热度下午或晚上较高，可达40℃，伴畏寒，清晨汗出热退，发热可持续数日至3 ～4个月不等。重者常有神志淡漠，听力减退，甚至谵妄、昏迷。较久者常有消瘦、贫血及营养不良性水肿等。
2．胃肠道症状：虫卵在肠首，特别是降结肠，乙状结肠和直肠大量沉积，造成急性炎症，患者出现腹痛和腹泻。由于肠道嗜酸性脓肿，可引起表层粘膜坏死形成溃疡，故常呈痢疾样大便，可带血和粘液。此时若做乙状结肠镜检查，可见粘膜充血，水肿，并可发现黄色小颗粒（为虫卵结节）及少数溃汤。重度感染者由于虫卵在结肠浆膜层和肠系膜内大量沉积，可引起腹膜刺激症状，腹部饱胀，有柔韧感和压痛，可误诊为结核性腹膜炎，少数患者可因虫卵结节所产生的炎症渗出及虫卵引起肝内广泛病变，致肝内血流不畅，淋巴液增多漏入腹腔而形成腹水。
3．肝脾肿大：绝大多数急性期患者有肝脏肿大，系由于大量虫卵结节形成，引起周围组织充血、水肿，造成肝脏急剧肿大，其质软，且有压叩痛。左右二叶均见肿大，以右叶更为明显，可能与肠系膜下静脉血流主要回入肝右叶有关。脾脏受虫卵毒素刺激而充血肿大，可明显触及。
4．肺部症状 ：咳嗽相当多见，可有胸痛，血痰等症状。肺部体征不明显，但X线摄片可见肺纹增加，片状阴影，粟粒样改变等。
5、过敏反应：以荨麻疹为常见，多见于发热期，广泛分布或仅局限于四肢，时发时愈，持续数日或2周。可伴有血管神经性水肿、淋巴结肿大与压痛等。血中嗜酸性粒细胞显著增多。
急性期一般不超过6个月，多数轻型病人可于短期内症状消退，而病情隐匿发展，如未治疗，则进入慢性期。
（三）慢性期
流行区居民自幼与河水接触，小量反复感染，大多数表现为慢性血吸虫病。但也有部分急性患者，未经治疗或治疗不彻底迁延而成慢性血吸虫病。无症状者仅在普查时发现，有症状者以腹痛、腹泻、消瘦、贫血、乏力、劳动力减退等为常见。大便每日多次，带血性粘液，伴里急后重，类似慢性菌痢。肝肿大以左叶较明显，肝表面光滑，质稍硬。脾也逐渐增大，一般肋下2-3cm。因急性期未曾发现，未治疗或治疗不彻底，或多次少量重复感染等原因，逐渐发展成慢性。本期一般可持续10-20年，因其病程漫长，症状轻重可有很大差异。流行期所见患者，大多数属于此类。由于虫卵长期反复的肝脏及肠壁沉积，造成肝脏门静脉周围及结肠壁纤维化，病变日益加重，导致胃肠功能失调，肝功能障碍和全身代射紊乱，甚至引起体力衰竭、营养不良、贫血、影响身体发育等严重后果。
1．无症状者 绝大多数轻度感染者可始终无任何症状，过去亦无急性发作史，仅于体检普查，或其它疾病就医时偶然发现。患者可有轻度肝或脾脏肿大，或皮内试验阳性，血中嗜酸性粒细胞增高，或其大便查出虫卵或毛蚴孵化阳性。
2．有症状者 血吸虫病变部位主要在乙状结肠和直肠，在肠壁可引起溃汤和出血，故腹泻与痢疾样大便颇为常见。患者肝脾均见肿大，可发展为肝硬化，肝脏渐见缩小，质硬，表面不光滑。下腹部或有大小形状不同的痞块、质硬、固定、或微有压痛。
（四）晚期
病人极度消瘦，出现营养不良性水肿，此进肝硬化多发展至后期，因门静脉栓塞形成，侧枝循环障碍，出现腹水、巨脾，腹壁静脉怒张等晚期严重症状。患者可随时因门静脉高压而引起食道静脉破裂，造成致命性上消化道出血，或因此诱发肝功能衰竭。此外，性机能往往减退，乃因严重肝损害引起全身营养不良和对激素灭能作用减弱，垂体机能受到抑制，性腺及其它内分泌腺亦产生了不同程度的萎缩所致。患者面容苍老而消瘦，常有面部褐色素沉着、贫血、营养不良性水肿等。晚期时肝脏缩小，表面不平，质地坚硬，脾脏渐呈充血性肿大。临床上主要按其体征等将晚期血吸虫病分为巨脾型、腹水型、结肠增殖型、侏儒型，同一患者可兼有两种或两种以上的类型。
1、巨脾型：患者常主诉左上腹有逐渐增大的块物，伴重坠感，95% 以上患者肝脾均肿大，但以脾肿大尤为显著，可达脐或脐下，并越过中线，甚者可达盆腔。脾质坚硬，表面光滑，内缘有明显切迹。本型患者肝功能可处在代偿期，一般情况尚佳，食欲良好，多数患者尚保存部分劳动力。
2、腹水型：患者诉腹胀，腹部膨隆似青蛙腹，四肢细小。腹水可反复消长或逐渐加剧，病程长者可达10～20年，某些患者的腹水较明显或伴有下肢水肿。
3、结肠增殖型：患者除晚期血吸虫病表现外，肠道症状较突出，如原因不明的腹痛、腹泻、便秘、大便变细或不成形及不全性肠梗阻与左下腹痞块等。
4、侏儒型：儿童期反复感染血吸虫后，可严重影响生长发育，除血吸虫病表现外，患者身材呈比例性矮小，面容苍老，发育障碍，性器官不发育，第二性征缺如，但智力无减退。
此外，血吸虫病引起的异位损害以肺和脑多见，肺血吸虫病多见于急性血吸虫病，病情轻者仅有咳嗽，病情重者可有气急、哮喘、胸闷及咳血痰等。脑血吸虫病多见于病程早期，以青壮年为多见，急性型似急性脑膜炎，慢性型表现为局限性癫痫或瘫痪。
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